مِحَكّ الدماغ الثاني — obsidian-research-brain

مهارة (Skill) لبناء وإدارة vault أوبسيديان كمرجع بحثي موثوق مضاد للانحراف، مع تنسيق مخطوطة موجه بالخطة (Coverage Ledger) وسلسلة إثبات قابلة للدفاع (Provenance Chain) — لأي تخصص.

الإصدار الحالي: 1.1.9

---

لماذا هذه المهارة؟

البحث الطويل (أطروحة، ورقة، تقرير) ينزلق بسهولة إلى: ملاحظات مختلطة، معرفة مولَّدة بلا مصدر، نطاق متضخّم، وفصول تُكتب قبل اكتمال الأدلة. المهارة تفرض وعاءً منظمًا (Verified / Drafts / Exploration / Outputs) ووعد نطاق قابل للقياس ومسار استدلال قابل للدفاع أمام مشرف أو محكّم، دون استبدال الحكم المنهجي التخصصي.

---

الميزات الرئيسية

• أربعة أوضاع: Scaffold · Management · Audit · Manuscript
• فصل صارم: 00-Scaffold · 01-Verified · 02-Drafts · 02b-Exploration · 03-Outputs · 99-Attachments
• سلسلة إثبات (Provenance Chain): نوع claim + support-level + روابط خلفية إلزامية إلى أدلة Verified
• بوابة مراجعة بشرية (Human Gate): pending-human-review + Review-Queue
• منطقة استكشاف مضبوطة مع بروتوكول ترقية صريح
• Gap Intelligence: استعلامات تظهر ما ينقص كل قسم وأي Claims ضعيفة
• قوالب YAML لأنواع الملاحظات (مصدر، أدب، بيانات، تحليل، Claim، Scope، Coverage-Ledger، Chapter-Output…)
• AGENTS.md عقد داخل الـ vault لأي وكيل
• طيف أدلة مرن عبر التخصصات (لا منهج واحد مفروض)
• تدقيق آلي للوعاء + مؤشرات تغطية المخطوطة + تفرد citation-key
• Research Health/Lint غير مدمّر: Provenance، Claims الضعيفة، الأدلة اليتيمة، العلاقات المعلنة، وإشارات G-scope
• صيانة معرفة تراكمية: Ingest / Query / Lint مع Research-Index وResearch-Log
• مراجعة عدائية اختيارية: Reviewer 2 مرتبط بالـ Claims وCoverage-Ledger، لا حكم آلي نهائي
• Progressive Rigor: starter → managed → rigorous دون تخفيف معيار Verified أو Human Gate
• Command Center اختياري: Obsidian Base محافظ على schema الحالية؛ الحقيقة تبقى في الملفات والـ Ledger
• Publication Bridge اختياري: export_bib.py يخرج BibTeX مشتقاً من Sources Verified دون تعديل الـ Vault
• اختياري: جسر Zotero/BibTeX (import_bib.py) ومعالم زمنية (milestone)
• بصري كبروتوكولات عمل: Dashboard (فجوات + Claims + Review) + Graph + Canvas (Thesis-Map · Evidence Map · Argument Map · Chapter Architecture)
• Snapshots للفصول + Deprecated/Superseded صريح

---

هيكل المستودع

obsidian-research-brain-skill/
├── SKILL.md                      # تعريف المهارة والسلوك (v1.1.9)
├── assets/templates/             # قوالب ملاحظات + Dashboard/Graph/Canvas + Claim
│   ├── Research-Index.md         # فهرس موضوعي اختياري
│   ├── Research-Log.md           # سجل عمليات append-only
│   ├── Adversarial-Review.md     # قالب Reviewer 2
│   ├── Research-Command-Center.base # عرض Bases اختياري
│   └── canvases/                 # Thesis-Map · Evidence · Argument · Chapter-Architecture
├── references/                   # معايير، taxonomy، visual-layer، Zotero…
├── scripts/
│   ├── audit_vault.py            # Layer A + manuscript_coverage + citation_integrity
│   ├── research_health.py        # Layer C غير مدمّر للصحة البحثية
│   ├── validate_obsidian_assets.py # تحقق JSON Canvas
│   ├── validate_obsidian_base.py # تحقق .base
│   ├── export_bib.py             # تصدير Verified Sources → BibTeX مشتق
│   └── import_bib.py             # استيراد BibTeX → Drafts
├── README.md
├── LICENSE
└── CHANGELOG.md

---

التثبيت

أ) كمهارة لوكيل (Claude / Cursor / بيئة skills)

1. انسخ المجلد إلى مسار المهارات عندك، مثلاً:
   • ~/.claude/skills/obsidian-research-brain/
   • أو ~/.grok/skills/obsidian-research-brain/
   • أو مسار skills الذي تستخدمه بيئتك
2. تأكد من وجود SKILL.md في جذر المجلد.
3. أعد تشغيل العميل أو أعد تحميل المهارات إن لزم.

ب) استنساخ من GitHub

git clone https://github.com/bio-colab/obsidian-research-brain-skill.git

ثم انسخ/اربط المجلد إلى مسار المهارات كما في (أ)، أو استخدمه كمرجع محلي.

ج) اعتمادية سكربت التدقيق فقط

pip install pyyaml
# Python 3.10+ موصى به

لا حاجة لتثبيت الحزمة كـ library؛ شغّل السكربت مباشرة من المسار.

---

Quick Start

1. فعّل المهارة في محادثة الوكيل واطلب بناء vault من: عنوان البحث + الخطة/الهيكل + داخل/خارج النطاق + التخصص.
2. الوكيل يعمل بـ الوضع أ (Scaffold): شجرة المجلدات، Scope، AGENTS، قوالب، Coverage-Ledger، Review-Queue.
3. أضف المصادر والخلاصات وClaims في الوضع ب — Verified فقط بأدلة حقيقية + Human Gate؛ التخمين في Drafts أو Exploration.
4. لنثر فصل: الوضع د (Manuscript) — حدّث الـ Ledger، اربط الادعاءات بـ Claims، احترم ترتيب الخطة، احفظ النثر تحت 03-Outputs/Chapter-Drafts/.
5. للتدقيق: الوضع ج — شغّل audit_vault.py ثم research_health.py، وراجع references/vault-quality-checklist.md (خاصة Claims وHuman Gate وGap Intelligence).
6. عند تراكم المصادر: اقرأ references/knowledge-maintenance.md وحدّث Research-Index وResearch-Log باقتراحات قابلة للمراجعة.
7. عند الحاجة إلى ضغط نقدي: استخدم references/adversarial-review.md وأنشئ التقرير في Drafts/Review؛ لا تغيّر الحالة تلقائياً.

التفاصيل الكاملة: SKILL.md وreferences/manuscript-pipeline.md وreferences/knowledge-maintenance.md.

---

تشغيل التدقيق (audit_vault.py)

من جذر المستودع (أو أي مسار يشير إلى السكربت):

# تقرير Markdown على stdout
python scripts/audit_vault.py /path/to/your-vault

# مع مخرجات محفوظة
python scripts/audit_vault.py /path/to/your-vault --md report.md --json report.json

# exit 1 عند انتهاكات Layer A الحرجة/الجوهرية (مع --strict للـ major أيضاً)
python scripts/audit_vault.py /path/to/your-vault --strict

# تقرير Research Health غير مدمّر عن Provenance والأدلة اليتيمة والعلاقات
python scripts/research_health.py /path/to/your-vault --md health.md --json health.json

# تحقق قوالب Bases وCanvas التي يضمها المستودع
python scripts/validate_obsidian_base.py assets/templates --strict
python scripts/validate_obsidian_assets.py assets/templates/canvases --strict

الطبقة	ماذا تقيس	تؤثر على score / exit؟
Layer A	مناطق، status، حقول إلزامية، انتهاكات Verified، روابط ويكي، ملفات حرجة	نعم
manuscript_coverage	M1–M5 من 00-Scaffold/Meta/Coverage-Ledger.md فقط	لا (افتراضياً)
citation_integrity	تفرد حقول citation-key	لا (افتراضياً)
Research Health	Provenance، Orphans، علاقات Claims، إشارات G-scope	لا افتراضياً؛ --strict فقط لخلل Provenance النشط

المتطلب: pip install pyyaml.

استيراد من Zotero (BibTeX)

python scripts/import_bib.py /path/to/vault --bib /path/to/library.bib --dry-run
python scripts/import_bib.py /path/to/vault --bib /path/to/library.bib

# تصدير مشتق من Sources Verified فقط؛ لا يعدّل الـ Vault
python scripts/export_bib.py /path/to/your-vault --out /path/to/derived/library.bib --strict

التفاصيل: references/zotero-integration.md. التصدير لا يستبدل Zotero ولا يخترع metadata ناقصة.

---

الإصدار

الحقل	القيمة
الحالي	1.1.9 + Unreleased 1.2 scope
التركيز	Provenance Chain + Human Gate + Exploration + Gap Intelligence + Research Health + Knowledge Maintenance + Adversarial Review
السجل	CHANGELOG.md

مسار الطبقة البصرية (ملخص)

مرحلة	ماذا	أين
V0	دستور: العرض ≠ الحقيقة	references/obsidian-visual-layer.md
V1	لوحة قيادة Dataview/Bases (فجوات + Claims + Review)	assets/templates/Dashboard.md
V2	Graph بلا ضوضاء PDF + Local Graph رسمي	assets/templates/Graph-Setup.md
V3	أربع لوحات Canvas كبروتوكولات عمل	assets/templates/canvases/ + Canvas-Protocol.md

---

الرخصة

هذا المشروع مرخّص تحت MIT — انظر LICENSE.